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A.申請時に捺印した印鑑です！

旅行業は最初に捺印した印鑑が「正」となります。
印鑑証明などは求められないので、どの印鑑を押しても大丈夫です。

ただ、5年後の更新の際にどの印鑑を押していたか分からなくなる！という事案が増えているようです。
更新申請の際にも新規で登録した際の印鑑と比較確認されますので、

新規登録の際にどの印鑑で申請したのか、残しておくことが大切です！