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利用運送の許可を取得した後、事業者は料金の設定をし、運輸局等へ届出をする必要があります。

自動車（トラック）の場合は距離・時間ごとに料金を算出する必要があるのに対して、

内航海運の場合は、陸送の部分と海上輸送の部分、それぞれの料金を算出するのが一般的です。

ただし、陸送＋海上輸送で料金を一括にしている場合は発地～着地間の料金の設定で事足りる場合もあります。